Es fängt gleich an, wie bei dem Menschen. Zuerst wird die Nahrung im Mund zerkleinert und eingespeichelt. Dabei werden erste Stärkemoleküle gespalten. Danach geht die zerkleinerte Nahrung durch die Speiseröhre und gelangt somit in den Magen. Anders als beim Menschen kann das Kaninchen nicht erbrechen, da der Verschluss der Speiseröhre sehr stark ist und der Magen nur am Magenausgang sehr bemuskelt ist. Der Magen umfasst ca. 15% des ganzen Verdauungstraktes. Er enthält immer etwas Nahrung, wodurch die Verdünnung problematischer Nahrungsbestandteile möglich ist. Der Mageninhalt wird von dem salzsäurehaltigem Magensaft stark angesäuert (pH-Wert 1-2) wodurch die Abtötung der Keime garantiert ist. Im Normalfall beträgt die Verweildauer der Nahrung im Magen 3-6h. Währenddessen entlässt der Pförtner einen Teil der Nahrung dosiert in den Dünndarm. Der Dünndarm besteht aus drei Teilen: Zwölffingerdarm, Leerdarm und Krummdarm. Im Zwölffingerdarm wird der pH-Wert wieder angehoben. Der Nahrungsbrei wird mit Saft aus der Bauchspeicheldrüse und der Gallenflüssigkeit vermischt und weiter zerlegt. Anschließend gelangt der Nahrungsbrei in den Leerdarm und danach in den Krummdarm. Im Dünndarm werden Vitamine, Einfachzucker, Aminosäuren, Fettsäuren und auch ein Teil der Salze und des Wassers aufgenommen. Übrig bleibt ein wässriger Brei mit bisher unverdaulichen Faser- und Eiweißstoffen.
Beim Übergang vom Dünndarm in den Blinddarm und Dickdarm unterscheidet sich die Verdauung der Kaninchen, anderer Pflanzenfresser. Denn anders als beim Pferd gelangt bei ihnen nur ein Teil des Dünndarminhalts in den Blinddarm. Die Sortierung erfolgt nach Partikelgrösse und zwar dadurch, dass die Nahrung aus den ersten 30 cm des Dickdarms mit Hilfe von Flüssigkeit durch eine warzenbesetze Struktur rückwärts in den Blinddarm gespült wird. Kleine Partikel mit einer Länge von weniger als 0.5 mm gelangen so in den Blinddarm, während die groben, schwerverdaulichen Fasern, wie z.B. Zellulose im Dickdarm verbleiben. Der Blinddarm eines Kaninchens ist mit einer Länge von etwa 40 cm und einem Volumen von etwa 60 % des Verdauungssystems der größte Bereich im Darm. Darin lebt eine Vielzahl von Mikroorganismen. In der Gärkammer der Kaninchen sind zu einem großen Teil Stäbchenbakterien zu finden. Viele dieser Mikroorganismen helfen dem Kaninchen bei der Verdauung der Nahrung, indem sie die noch unverdauten Nahrungsbestandteilen in nahrhafte Essigsäure, Buttersäure, Propionsäure verwandeln, die im Kaninchenblinddarm aufgenommen werden können. Bei den Stoffwechselvorgängen der Bakterien entstehen auch Abfallstoffe wie Harnstoff und Ammoniak und auch Eiweiße, Zucker und Vitamine, die jedoch im Dickdarm nicht aufgenommen werden können. Aus diesem Grund produzieren Kaninchen zwei Arten von Kot und fressen den nahrhaften Blinddarmkot beim Ausscheiden direkt vom After weg. Die Nährstoffe aus dem Blinddarmkot werden dann ganz normal im Dünndarm aufgenommen.
In der Hartkotphase werden die Nahrungsbestandteile, die zu grob sind um im Blinddarm zu landen, im über einen Meter langen Dickdarm weitertransportiert, entwässert und mit Hilfe starker Kontraktionen zu den bekannten, harten Kaninchen-Kotkügelchen gepresst und anschließend ausgeschieden. In den weniger häufigen Blinddarmkotphasen wird der Inhalt des Blinddarms durch den Dickdarm geführt, dies geschieht schneller als in der Hartkotphase. Der Blinddarmkot wird nicht so stark entwässert und nur leicht gepresst und mit einer Schicht schützendem Schleim umgeben.
